@GuillemSalazar et al. desenvolveram uma ferramenta em #Python chamada mTAGs, que consiste em um perfilador taxonômico para #metagenomas. Ele classifica as sequências a partir do consenso degenerado das referências de genes de RNA ribossômico. bit.ly/3ubFP81

Todas as quartas-feiras às 11h30 fazemos um code club de programação em #Julia, aplicando em exemplos biológicos. Hoje, trabalhamos com a análise de frequência de nucleotídeos (A,C,T,G) em sequência de DNA (preparado pelo mestrando Pedro Ilídio e com colaboração do Elias Carvalho)

ExTaxsI consiste em uma ferramenta de #bioinformática de código aberto implementada em #Python, desenvolvida por Giulia Agostinetto et. al (2022). facilita a integração e a exploração de informações moleculares e de dados taxonômicos. bit.ly/3MAMU98

O grupo @KlingmuellerG elaborou o pacote #MSPypeline em #Python. Esse conjunto de ferramentas auxilia os usuários na análise de dados #proteômicos, fornecendo um processamento abrangente e conclusivo em minutos. Disponível em bit.ly/368VlI2

Pesquisadores associados à The University of Edinburgh desenvolveram o PyGNA, #API em #Python, com o qual é possível reunir análises estatísticas em redes biológicas e conjuntos de genes, determinando a interação entre eles. Disponível em bit.ly/3NAO8kU

A construção de arquiteturas 3D de RNA podem ser representadas por grafos, permitindo usar sua teoria e trabalhar com #MachineLearning. Para facilitar seu uso, Mallet et al. criaram com #Python um pacote que facilita a análise e visualização de RNAs. bit.ly/38ApVvn

Manish Goel e Korbinian Schneeberger desenvolveram o plotsr uma ferramenta implementada em #Python via #CLI, que permite a visualização de forma simples e flexível de semelhanças estruturais e grandes rearranjos entre múltiplos #genomas. Veja mais: bit.ly/3sA5NR5

A utilização de #MachineLearning em #Python se tornou muito importante e muitos usam suas ferramentas para solucionar problemas. Miguel Rocha et al. criaram o ProPythia, um pacote focado na manipulação e classificação de proteínas. bit.ly/3O3pbyI

MatteoPalù et al. (2022) desenvolveram o KEMET, uma ferramenta implementada em #Python com objetivo de avaliar módulos KEGG e expandir a anotação de genomas microbianos por buscas direcionadas com sequências ortólogas.

18 materiais gratuitos e em português para aprender Python:

Hoje Vinícius Franceschini-Santos colocou no ar a lista dos 40 selecionados para a 5ª edição do Workshop de Python para Dados Biológicos. Confiram aqui: wpdb2022.netlify.app/participantes/ #Python #Biociências #Programação #Workshop #Educação

A modelagem 3D de RNA é um processo que, apesar de ser bem pesquisado, requer a instalação de diversos pacotes e bibliotecas. Por isso, MarcinMagnus 🦋 @mmagnus42.bsky.social criou o rna-tools.online, em #Python, uma plataforma web que facilita o uso pelo usuário. Leia: bit.ly/3R0psU0

Original strategies for training and educational initiatives in bioinformatics, Volume II frontiersin.org/research-topic…