The Nextstrain CoVariants.org focal build for 21K (B.1.1.529) is now live. nextstrain.org/groups/neherla… As previously, the long branch leading to 21K is clearly visible, making it hard with current sequences to tell much about the evolutionary history.

COVID-19 surveillance, England. The most recent 5 days (to 28 Nov) show an increase in S gene target failure in community testing data. An explainer follows. 🧵

2 new reports on RNA insertions in the Omicron variant, potentially derived from (homology with) human host, that represent "wildcard" mutations, making their impact hard to predict virological.org/t/putative-hos… via Jeremy Farrar osf.io/f7txy/ via Prof Peter Hotez MD PhD DSc(hon)

Putative host origins of RNA insertions in SARS-CoV-2 genomes ift.tt/3dpdgu6

1/12 In our paper "The hyper-transmissible SARS-CoV-2 Omicron variant exhibits significant antigenic change, vaccine escape and a switch in cell entry mechanism", a huge team effort, we describe a fundamental shift in antigenicity and cell entry of the SARS-CoV-2 Omicron variant

🚨Evolución de ómicron en Chile🚨 4/12 primer caso 10/12 5 casos 13/12 12 casos 16/12 30 casos 21/12 73 casos 23/12 125 casos 27/12 248 casos 3/01 648 casos No dejes de usar mascarilla😷, ventila los espacios💨, lava tus manos ✋🧼y vacúnate! 💉💉💉

Simposio Internacional de Epidemiología Basada en #AguasResiduales 📅 Días: 20 y 21 de enero 🕐 Horario: 09:30 a 13:30 horas 🌐 Inscripciones en: lnkd.in/g6eud7Xt Ministerio de Ciencia Seremi Ciencia Centro Sur Ministerio de Salud Consorcio Genomas CoV2 (CGC) Chile Instituto de Salud Pública de Chile Sociedad de Microbiología de Chile Sociedad Bioquimica

This filtered @Nextstrain build gives a nice visual display of how distant the Omicron family is from everything else, & how different BA.1 (21K) & BA.2 (21L) are from each other. Distance is in mutations. nextstrain.org/ncov/gisaid/gl…

Nuevo reporte circulación variantes #SARSCoV2 Chile. 24 Ene 2022 (últimas 3 semanas >85% #OMICRON BA.1 - BA.1.1 - 5% #DELTA AY.43.3 - 👀 10% otros) 📊 minsal.cl/wp-content/upl… outbreak.info/location-repor… Ministerio de Salud Ministerio de Ciencia Consorcio Genomas CoV2 (CGC) Chile Instituto de Salud Pública de Chile Sociedad de Microbiología de Chile Ricardo Soto Rifo Data Covid19 Chile

🥼🧪Hoy la Revista Ya destaca los esfuerzos para la secuenciación genómica de distintas universidades que participan del Grupo de Vigilancia de variantes para el Sars-CoV-2. Un gran aporte de la comunidad científica en coordinación con Ministerio de Ciencia 👇minciencia.gob.cl/areas-de-traba…

Urge armar una mesa de trabajo intersectorial con foco en #OneHealth Cristóbal Cuadrado Carolina Gainza Ministerio de Salud Ministerio de Ciencia Ministerio del Medio Ambiente Ministerio de Agricultura de Chile 🇨🇱 Instituto de Salud Pública de Chile SAG Sociedad de Microbiología de Chile Sochinf Universidad de Chile #vigilanciagenómica #AguasResiduales #zoonosis #infectiousdiseases #inocuidad #RAM

Después de dos años de estar contribuyendo al diagnostico en #Atacama, hemos recibido la autorización del Instituto de Salud Pública de Chile para realizar vigilancia genómica de SARS-CoV-2, gracias a todos quienes hicieron esto posible, la Universidad de Atacama, Gobierno Regional de Atacama, Consorcio Genomas CoV2 (CGC) Chile etc, seguimos !!!

OMS acaba de lanzar una estrategia global de 10 años para la vigilancia genómica de patógenos, enfatizando la necesidad de desarrollar capacidades locales y promover #datosabiertos para mejorar la capacidad de respuesta de todos los países. 21/ who.int/news/item/30-0…

Reporte circulación variantes #SARSCoV2 🇨🇱 5 abril 2022 Sublinajes #Omicron 📊 minsal.cl/wp-content/upl… Fortalecer Vigilancia! Ministerio de Salud Cristóbal Cuadrado Ministerio de Ciencia Flavio Salazar Onfray Consorcio Genomas CoV2 (CGC) Chile Instituto de Salud Pública de Chile Sociedad de Microbiología de Chile Ricardo Soto Rifo Extra: BA.4 / BA.5 -> x.com/Tuliodna/statu…

Nuevo trabajo colaborativo en BMC Medicine sobre inmunidad en participantes que recibieron refuerzos homólogos o heterólogos #coronavac #pfizer #astrazeneca Mónica Acevedo Ricardo Soto Rifo FeRNAndo Valiente 🧬🧫🔬 Mercedes Rafael González Fabiola Osorio Maria Rosa Bono Ministerio de Ciencia Ministerio de Salud

Segunda Jornada Taller OPS/OMS Programa CYTED Facultad de Medicina Universidad de Chile #Preparedness #sequencing #pipeline #SARSCoV2 #emergingviruses #nanopore Ministerio de Salud Ministerio de Ciencia @AnidInforma

#SARSCoV2 sus variantes circulantes #Omicron y sus "apodos" #CovidIsNotOver Fortalecer #vigilanciagenómica Generar #evidencialocal Ministerio de Salud Ministerio de Ciencia Instituto de Salud Pública de Chile Consorcio Genomas CoV2 (CGC) Chile Programa Explora Facultad de Medicina LabMolCelVirol Ricardo Soto Rifo Sociedad de Microbiología de Chile #HappyNewYear Créditos Daniele Focosi, MD PhD MSc

¿Was it effective to use Pfizer & AstraZeneca as boosters after vaccination with Sinovac? Our new article on IgG dynamics after vaccination against Covid in Chile is out at The Lancet Microbe . A thread 🧵 With Denis Sauré Juan Pablo Torres Torretti Miguel ORyan FeRNAndo Valiente 🧬🧫🔬 Ricardo Soto Rifo Manuel Rain

💉🔬¡Descubre cómo la Universidad de Santiago de Chile fortalecerá la vigilancia genómica del #COVID19 en Latinoamérica!  🧬 Gracias al proyecto de colaboración internacional del Fondo Chile-México avanzamos hacia una respuesta más efectiva contra este #virus ◾ Detalles: bit.ly/3WZRRxx