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Are you interested in studying enhancer biology/3D genome organization in my lab at the University of Tokyo? This Biohub Network program would be a great opportunity for you! Feel free to reach out if you're interested!! czbiohub.org/program-ssfcz-…

I'm super excited to share my recent work with Gabriel Rocklin “Structural and energetic analysis of stabilizing indel mutations” biorxiv.org/content/10.110…. 1/8

Japan must lose its tight focus on individual disciplines if it is to keep pace with the evolving requirements of scientific enquiry go.nature.com/4aZcaCy

Small proteins can be more complex than they look! We know proteins fluctuate between different conformations- but how much? How does it vary protein to protein? Can highly stable domains have low stability segments? Állan Ferrari experimentally tested >5,000 domains to find out!

私も寄稿した「生体の科学」の2025年4月号(坪山先生 Kotaro Tsuboyama 企画)がまもなく発売です。「AIにより加速する生体分子デザイン」という特集で、タンパク質・核酸デザインを研究している日本人研究者が勢揃い、最新の知見が日本語で読めるのは素晴らしいと思います。 amzn.asia/d/iWOdA3W

生体の科学の4月号、「AIにより加速する生体分子デザイン」特集に、クライオ電顕のモデリングのレビュー論文も載りました。「深層学習を用いた，クライオ電子顕微鏡像に対するタンパク質構造モデル評価と構造モデリング」中村　司・木原大亮　igaku-shoin.co.jp/journal/detail…

Excited to share our preprint “BoltzDesign1: Inverting All-Atom Structure Prediction Model for Generalized Biomolecular Binder Design” — a collaboration with Martin Pacesa, Zhidian Zhang , Bruno E. Correia, and Sergey Ovchinnikov. 🧬 Code will be released in a couple weeks

生体の科学 2025年4月号 特集：AIにより加速する生体分子デザインに「自己複製するRNA」という題で寄稿いたしました。よろしければご覧ください。 igaku-shoin.co.jp/journal/detail…

「コンピューターでRNAポリメラーゼをデザインできる日は来るか」と題し、複雑なタンパク質オリゴマーのde novoデザインに関する記事を書かせていただきました。 坪山さん Kotaro Tsuboyama お誘いいただきありがとうございます！皆様の記事を読んで勉強させていただきます！

寄稿させていただきました！坪山さんありがとうございます。

「自然界にない新規な骨格構造を持つタンパク質の設計」という項目を担当させていただきました。国内の専門家の方々が集まって書かれた日本語書籍なので、蛋白質デザインが専門でない方でも分野の先端を概観できる、とても良い一冊だと思います！

技術書典に初出展です。 初学者向けにColabFoldを用いて、ブラウザでタンパク質立体構造予測を体験できるように解説。応用な内容として、環状ペプチドの予測の実装や最新モデルについての解説も🥳 くろたんくLab | ColabFoldで学ぶタンパク質立体構造予測 #技術書典 techbookfest.org/product/dypnq6…