🟩🟦 Two Oxford Nanopore runs full of Bacterial Sequencing Fun! 🧫 Interested what these new Streptococcus genomes are going to tell us! #sequencing PathoSense #science #phdlife #seaofgreen #pighealth #OneHealth

New work from our lab on SARS-CoV-2 in Nature Communications. Here, we show that virus can disseminate out of lungs to blood and extrapulmonary organs in severe COVID-19. This includes an immunocompromised host with ongoing in vivo evolution of SARS-CoV-2 (1/3) rdcu.be/cB9M9

We report organ-specific SARS-CoV-2 intra-host genome diversity including emerging mutations found in VOCs (shown in red). However, this patient died in June 2020 before any reported cases of these VOC. This supports the idea that intra-host evolution could lead to new VOCs (2/3)

This work was done at [email protected], UGent Geneeskunde & Gezondheidswetenschappen, UZ Gent in collaboration with Nick Vereecke, Sebastiaan Theuns from PathoSense and Piet Maes from KU Leuven and many others (not on twitter).

Led by Rommie Amaro, "a team of 50 scientists has for the first time created an atomic simulation of the coronavirus nestled in a tiny airborne drop of water." “People have literally never seen what this looks like.” Article by Carl Zimmer Jonathan Corum: nytimes.com/interactive/20… (1/x)

86 🦐 gut samples, 86 DNA isolations, 86 PCR reactions, 86 🧲 bead clean-ups, 4 library preps & 4 Oxford Nanopore flow cell loadings later … This 16S rRNA gene #metagenomics sequencing is on 🔥! #sequencing PathoSense #aquaculture UGent VetMed MicroBites #bacteria #16S #phdlife

Dinsdag 14 december geven onze artsen een update over COVID-19. Wil je meer weten over de huidige behandelrichtlijnen, respiratoire ondersteuning en de laatste vaccinevoluties? Schrijf je dan nu in: uzgent.be/webinar-covid-… Met o.a. Steven Callens

Infant gut #microbiota maturation goes through three distinct successional stages, which can regress due to disease or antibiotics use. Great work by Leen Beller in collaboration with RaesLab. FWO KU Leuven journals.asm.org/eprint/KB5JQII…

Het kan zo zijn dat Nederland er niets van begrijpt. Het kan zo zijn dat ik er niets van begrijp. Zeker. Iets anders kan ook waar zijn. Veto's tav toekomstig gebruik van kernenergie: het wordt hoe langer hoe absurder dat 'wij' er koppig aan vasthouden. vrtnws.be/p.lOO7RBP1n

Mochten we de regeringsbeslissingen van de laatste decennia die na 23h werden genomen kunnen terugdraaien, dan zou ons land er veel beter voorstaan vandaag.

Men kan best even uitslapen en dan terug rond de tafel gaan zitten.

Wij zijn kampioen in de dingen waar je best niet de beste in bent. Loonkosten, energieprijzen, overheidsbeslag, inflatie. Er is trouwens een verband.

Johan, jullie zorgen dat wij elke dag comfortabel digitaal kunnen werken. Totaal onzichtbaar als het goed gaat, vaak verguisd als het slecht gaat. Da's zo'n beetje jullie lot. Maar net daarom te weinig gezegd: duizend keer — wat zeg ik miljoen keer dank. x.com/dawyndt/status…

Whats this? Some early R&D data. Now getting around Q20+ at 415bps. Yes faster chem and Q20+… more training/tuning required.

‘De traditionele manier van diagnostische testen is de omgekeerde wereld’ vertellen Hans Nauwynck en Sebastiaan Theuns . ‘Onze PathoSense test vertelt meteen met welk virus of bacterie een dier besmet is.’🐷🐄🐴Lees er alles over in bit.ly/PathoSense #technologytransfer UGent TechTransfer Office

We are witnessing, literally watching live, Putin commit genocide on an industrial scale in Ukraine while the most powerful military alliance in history stands aside. It's impossible not to be emotional, but let us also be rational and focus our rage on the facts. 1/13

The blue shirt is back! First international conference talk for 2 years. Added 2.8M genomes to the slides since my last outing.

Een disbalans in de aanwezige kiemen en het management op varkensbedrijven kan zorgen voor de doorbraak van een infectieziekte. Volgens Sebastiaan Theuns van PathoSense kun je dan vaak niet één ziekteverwekker aanwijzen als de veroorzaker. #infectieziekte varkens.nl/nieuws/2022/04…

Thank you Oxford Nanopore for the amazing in-life London Calling 2022 event! It was a blast & amazing experience! Thanks to all presenters & delegates to share their thoughts on applications for ONT! Sebastiaan Theuns #nanoporeconf Joan Martí-Carreras Olga Francino #phdlife #sequencing

The full-length sequence of a second case of #monkeypox detected in Belgium on 19/05/2022 is available on Virological Posts. Sequenced with Oxford Nanopore. Tony Wawina B. Bert V