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Wiep van der Toorn

@wiepp

PhD student Data Science and Bioinformatics at the RKI in Berlin, Germany.

ID: 204109991

calendar_today17-10-2010 23:19:06

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Looking forward to the direct RNA update tomorrow #nanoporeconf! Meanwhile, we also updated our preprint on dRNA-seq systematic errors with signal analysis, first is the mismatch error relationship between the 4 bases and their signal features (esp. intensity and dwell time) 1/3

Looking forward to the direct RNA update tomorrow #nanoporeconf! Meanwhile, we also updated our preprint on dRNA-seq systematic errors with signal  analysis, first is the mismatch error relationship between the 4 bases and their signal features (esp. intensity and dwell time) 1/3
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Overall, C is the least accurate nucleotide, but sequence contexts matter greatly! The most accurate 3-mer context “GCA” shows clear signal-level separation with its mismatched motif "GUA", while the worst “UCU” is almost identical to “UUU”… 2/3

Overall, C is the least accurate nucleotide, but sequence contexts matter greatly! The most accurate 3-mer context “GCA” shows clear signal-level separation with its mismatched motif "GUA", while the worst “UCU” is almost identical to “UUU”… 2/3
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Pleased to be able to contribute here; study led by Max v Kleist (Robert Koch-Institut Freie Universität) & Redmond Smyth lab (Helmholtz Institute Würzburg (HIRI)). Updated preprint: biorxiv.org/content/10.110… Liuwei (Wang Liu-Wei) & Wiep (Wiep van der Toorn) are at London Calling in person #nanoporeconf; go talk to them! 3/3

INSPI ECUADOR (@inspi_ecuador) 's Twitter Profile Photo

#INSPIVigilanciaGenómica INSPI ABG Agrocalidad y Min. de Ambiente, Agua y Transición Ecológica participan en taller “Secuenciación de Nueva Generación y Bioinformática” organizado por GIZ para ampliar las capacidades técnicas en la Caracterización y Vigilancia Genómica de la Influenza Aviar.

#INSPIVigilanciaGenómica
INSPI <a href="/ABG_galapagos/">ABG</a> <a href="/AgrocalidadEC/">Agrocalidad</a> y <a href="/Ambiente_Ec/">Min. de Ambiente, Agua y Transición Ecológica</a> participan en taller “Secuenciación de Nueva Generación y Bioinformática” organizado por <a href="/giz_gmbh/">GIZ</a> para ampliar las capacidades técnicas en la Caracterización y Vigilancia Genómica de la Influenza Aviar.
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#INSPIEsVigilanciaGenómica Técnicos e Investigadores del INSPI Ministerio de Salud Pública 🇪🇨 Agrocalidad y Min. de Ambiente, Agua y Transición Ecológica fortalecen sus conocimientos en Vigilancia Genómica ante posibles brotes de epidemias de Influenza Aviar en el Ecuador. Leer más ➡️bitly.ws/JbAm

#INSPIEsVigilanciaGenómica 
Técnicos e Investigadores del INSPI <a href="/Salud_Ec/">Ministerio de Salud Pública 🇪🇨</a> <a href="/AgrocalidadEC/">Agrocalidad</a> y <a href="/Ambiente_Ec/">Min. de Ambiente, Agua y Transición Ecológica</a> fortalecen sus conocimientos en Vigilancia Genómica ante posibles brotes de epidemias de Influenza Aviar en el Ecuador. 
Leer más ➡️bitly.ws/JbAm
Gregor Diensthuber (@gdiensthuber) 's Twitter Profile Photo

VERY excited to share SeqTagger with the world! If you want to learn more about our super-fast and accurate demultiplexing tool for direct RNA-sequencing (DRS), check out the thread below. bit.ly/3ClVYxG (1/15) 🧵

Adrien Leger (@adrienleger2) 's Twitter Profile Photo

It's Christmas in advance with a very special Oxford Nanopore #opendata release ! 🎅 Today we are releasing our 5mC 5hmC and 6mA DNA mod synthetic control datasets with each mods in all possible 5 mers contexts. All nicely wrapped in a comprehensive validation blog post.🎁