NIH本当に停止しているのかな？Blastできないと世界中の生物系の研究者が大ダメージのはず。ちょうど日本のDDBJもスパコンのリプレースで使えないし、、、ヨーロッパのEBI Blastの出番かな。ebi.ac.uk/jdispatcher/ss… でも遅いんだよね。

o3-mini-highにデータ渡して分析依頼したらかなり期待通りに分析してくれてびっくりした。人による検証作業のほうが律速段階になりそう。

最近NCBIのBLAST良く止まっていて仕事にならない…

ChatGPTがWEBも検索してくれるようになって、自分でGoogle検索をほとんど使わなくなった。そんな日が来るなんて想像していなかったなぁ。

新型MacでMinKNOWが20倍というのを見て、何と比べて？と思って調べたら、RADEON搭載のPCと比べてだって。MinKNOWはRADEONに対応してないから、比較しているのはIntel CPUとM3 GPUになっていて、それでたったの20倍って残念な気持ちになった。そのくらいなら5万円位のNVIDIA GPU以下という。。。

最近PCで故障するパーツは８割型SSDだなと思う。HDDより故障しにくいというのは昔の話で、高速化大容量化が進んた今ではすごく熱くなって壊れる印象。熱とは無関係そうな購入直後からプチフリ個体も多数あり。

リバイズのため共著者に図の説明を依頼していたけど、返事が帰ってこなくなった。アメリカの研究所勤務の方なのでメールが届かない状況になっているのかな。プライベートのgmailを聞いておくのだった。。。

三島のバス、ついに接近情報がわかるようになったのか

WGAの代わりに良いかもと紹介していただいたので、忘れないうちにメモ。 catalog.takara-bio.co.jp/product/basic_…

github.com/c2997108/OpenP… 私がよく使うNGSの解析パイプラインをまとめたツール。新しい遺伝研スパコン環境に対応するよう更新しました。

doi.org/10.1016/j.fgb.… シイタケゲノムをほぼT2Tで解読しました。使用したのはHiFiだけですが手動キュレーションは必要。シイタケのテロメアからテロメア特異的レトロトランスポゾンが見つかって、以前関わっていたカイコテロメア特異的レトロトランスポゾンが懐かしくなりました。

えっ、、Flongleっていずれ終了するの！？ community.nanoporetech.com/posts/flongle-…

Flongleなくなるなら、相乗りでPrometIONみたいな受託解析サービスが出てくれないとつらい。いつまで購入できるのだろう。MGIのナノポアシーケンサーが競合してくれると良いのだけど。en.mgitech.cn/Home/Applicati…

解説はこちらです。 kazusa.or.jp/news/pr2025061…

高校の情報の教科書、内容が広くまとまっていてとてもよさそう。教育体制が整備されて、いずれ（10年後？）はこの内容をきちんと学習した高校生が入学してくるのだろうけど、それまでは基礎知識を身に着けてもらうためラボにこの教科書を用意しようと思った。

gemini cliを使ってみて、プログラマーが職を失う日は近いなと思った。まだゲノム解析はデータが大きいからか出来なかったけど、これも自動化される日は遠くないのでは

codex cliでGPT5使ったら、Gemini cliで出来なかった処理が出来た　何が良くなったのか中身は理解していない。。。