Escher é uma ferramenta para construir e visualizar vias biológicas, sendo ótima para contextualizar dados sobre o metabolismo de microorganismos, disponível para Web e em um pacote #Python que inclui vários recursos extras. Disponível em journals.plos.org/ploscompbiol/a…

Pacote em #Python criado por Ghislain Vranckx, ForestAtRisk é capaz de processar arquivos RASTER de alta definição, para identificar áreas de risco de desmatamento nos trópicos. Acesse: bit.ly/3toBxJd

Now we have a Github organization! 🥳 The main purpose is to have a place where we will organize annual teams and repositories hosting websites, teaching materials, and research information (e.g., posters in scientific conferences). Visit it here: github.com/brazilpythonws

#EVANGELIST é uma ferramenta em #Python elaborada em parceria com o TU München, que por meio do cálculo do conteúdo GC (%) avalia a #evolução dos cromossomos de #peixes e de outros vertebrados. Disponível em: bit.ly/3npxqcs Thanks @RAISSA_MEL0 for sharing!!

Gsmodutils é uma ferramenta em #Python, desenvolvida por Gilbert et al. (2019), amplamente utilizada na biologia sintética e na microbiologia industrial para simulações metabólicas usando modelos em escala genômica (GEM). Veja mais em bit.ly/3NJkwB0 Thanks Pedro Ferreira!!

O Community Simulator é um pacote em #Python criado por Fr. Robert Marsland et al. para simular dinâmicas populacionais microbianas de forma reproduzível, transparente e escalável. Seu algoritmo chega ao estado de equilíbrio de populações. bit.ly/3nZRKBC Thanks, Leonardo!

Opfi, um pacote feito em #Python para identificação de clusters gênicos, criado por Hill et al, pode ser utilizado para verificar genes que realizam funções específicas em clusters genéricos, permitindo conhecer novas funções gênicas. bit.ly/3RMl4ck Obrigado Matheus!

18 materiais gratuitos e em português para aprender Python:

Hoje Vinícius Franceschini-Santos colocou no ar a lista dos 40 selecionados para a 5ª edição do Workshop de Python para Dados Biológicos. Confiram aqui: wpdb2022.netlify.app/participantes/ #Python #Biociências #Programação #Workshop #Educação

phenopype é um pipeline de análises implementado em #Python, utilizado para extrair dados fenotípicos de imagens. Foi desenvolvido por Moritz Lürig e publicado na Methods in Ecology and Evolution. bit.ly/3K3BJER

Este ano novamente pude apresentar a palestra "Boas práticas de programação e reprodutibilidade de scripts Python" no V Workshop Python para Dados Biológicos Brazilian Python Workshop for Biological Data . Muito feliz com o convite, Renato A. C. Santos !

Para interessados, a apresentação está disponível no link: raw.githubusercontent.com/brazilpythonws…

Na nossa conversa sobre #TheLastOfUsHBO vimos que os fungos podem ser perigosos para nós, mas também têm papel positivo. Agora, com o Renato A. C. Santos vamos aprender sobre duas pesquisas que envolvem benefícios e perigos dos fungos. Vem no fio comigo 🧶

@BVFAPESP CENAPAD-SP Estas pesquisas do Renato foram desenvolvidas no CNPEM, na FCFRP-USP e no lge, sob orientação do Diego M. Riaño-Pachón, São Paulo Fungal Group e Marcelo Carazzolle. Parte das pesquisas tiveram colaboração do Papin Lab e do RokasLab, nos EUA, e da Ana Alastruey, na Espanha.

The past few years have been tough for science in Brazil. Renato A. C. Santos, Gustavo Crestana, Flavia Vischi Winck and Jéssica Mendes summarize six problems and challenges confronting research and innovation in Brazil and how to address them. elifesciences.org/articles/90533…