チーム制作では適宜Prefabに分けて同シーンを編集すると思いますが、TimelineからPrefab外のオブジェクトを操作するケースではその参照をPrefab内に保存できません。建物を差し替えたり壊したりするケース、別々のTimelineで共通のオブジェクトを使うケースでシーンまたは上層のPrefabに差分が出ます。